El objetivo del programa de Doctorado en Ciencias Aplicadas es el formar recursos humanos de alto nivel, en temas científicos de vanguardia con potencial tecnológico y/o aplicado, los cuales puedan impactar favorablemente en el desarrollo tecnológico regional y nacional. Los estudiantes graduados tendrán habilidades de innovación tecnológica y del quehacer científico con las cuales podrán desempeñarse como Profesores-Investigadores en Universidades o Centros de Investigación. Se espera que los estudiantes graduados sean capaces de realizar investigación científica original de forma independiente, que sean capaces de identificar y resolver problemas tecnológicos y que a su vez puedan formar recursos humanos de posgrado de alto nivel.